Os portugueses reproduziram no Brasil experiências colonizadoras anteriores de dividir o território em faixas de terra, cuja ocupação era confiada a donatários, que as transmitiam a seus descendentes. O território do atual Estado de São Paulo englobava duas capitanias, a de São Vicente, onde foi fundada a cidade de mesmo nome, a primeira do Brasil, e a Capitania de Santo Amaro, mais ao sul, que foi incorporada em 1620 a São Vicente. Em 1711, o imenso território da Capitania sofreu o seu primeiro grande desmembramento com a criação da Capitania de Minas Gerais. Em 1748 seriam criadas as capitanias de Goiás e Mato Grosso.
As vilas constituíram forma básica de organização municipal do território da América portuguesa e possuíam estrutura elementar: uma igreja e uma câmara de vereadores. Ao ser criada a vila era estabelecido um compromisso pelo qual cabia às povoações, por meio de doações de seus moradores, a edificação de sua igreja matriz, uma sala para as reuniões da câmara e uma cadeia. Por ocasião da Independência do Brasil, São Paulo tinha 44 vilas e uma cidade.
Fundar uma vila era um direito compartilhado entre o rei, o capitão-geral (administrador civil de uma região colonial) e o capitão-mor (administrador militar). Mas elevar uma vila a cidade era privilégio exclusivo do poder real. Durante o período, poucas foram as vilas que mereceram tal distinção, casos do Rio de Janeiro, São Luiz, Salvador ou São Paulo, esta elevada a Imperial Cidade de São Paulo em 1711.