Alegando "desconformidade com a ordem constitucional", o governador José Serra vetou o Projeto de Lei 394/07, do deputado Raul Marcelo (PSOL), aprovado pela Assembléia paulista no final de junho, que declara como Patrimônio Histórico Cultural e Ambiental o Rio Ribeira do Iguape e, ao mesmo tempo, proíbe a instalação de obras ou empreendimentos que, isolada ou conjuntamente, venham a alterar de forma significativa as condições naturais do rio em seus aspectos estético, físico, químico ou biológico. O veto foi publicado no Diário Oficial de 27/7.

De acordo com o governador, o projeto, ao declarar determinado bem natural como patrimônio histórico, cultural e ambiental, cuida da instituição de tombamento e, portanto, de questão ligada primordialmente à função constitucional de administrar que compete ao Executivo.

O governador entendeu que o projeto ignorou todo o sistema legal existente, apto e suficiente a assegurar a utilização racional dos recursos hídricos do Estado, e lembrou no documento enviado à Assembléia que o Condephaat determinou o tombamento da área da Serra do Mar e de Paranapiacaba e, ainda, que a APA da Serra do Mar e de Cananéia, Iguape e Peruíbe foram criadas com o objetivo, entre outros, de proteger e preservar a qualidade dos recursos hídricos da Bacia Hidrográfica do Ribeira do Iguape e demais bacias localizadas nas áreas especialmente protegidas. Essas iniciativas, segundo o governador, demonstram que a área em questão já teve seus atributos culturais, ambientais e históricos reconhecidos pelos instrumentos legais adequados.

Quanto ao dispositivo do projeto que proíbe obras ou empreendimentos que venham a lesar as condições naturais do rio, o governador destaca o Plano Estadual de Recursos Hídricos e o Sistema Integrado de Gerenciamento de Recursos Hídricos, que tem o objetivo de assegurar que a água possa ser controlada e utilizada em padrões de qualidade satisfatórios, por seus usuários atuais e pelas futuras gerações.