O Sistema Estadual de Ensino Superior do Estado de São Paulo foi integrado por mais duas faculdades: a Faculdade de Medicina de Marília (Famema) e a Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (Famerp). Dois projetos aprovados pela Assembléia (PLs 1/2005 e 641/2005) e sancionados pelo governador no último dia 6/1 autorizam o Poder Executivo a extinguir as entidades, antes entidades autônomas, e a incorporá-las ao sistema.Segundo a justificativa dos projetos, a proposta é resultado de estudos desenvolvidos pela Secretaria da Ciência, Tecnologia e Desenvolvimento Econômico, que demonstraram a conveniência de ajustar as faculdades " antes instituições públicas isoladas, agora incorporadas ao Sistema Estadual de Ensino Superior criado pela Lei 8.898, de 1994 " "às metas institucionais voltadas ao desenvolvimento e aperfeiçoamento do ensino das ciências e práticas de saúde visando ao bem-estar físico, mental e social do indivíduo, como exigência da cidadania.MudançasA Faculdade de Medicina de Marília era uma autarquia do Governo do Estado e oferecia gratuitamente cursos de Medicina e Enfermagem. Já a Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto nasceu como instituição privada de ensino superior, há 35 anos, e foi estadualizada em setembro de 1994 (com a criação do SEES). Também oferece cursos de Medicina e Enfermagem, além de cursos de pós graduação, mestrado e doutorado.Na prática, com a promulgação das Leis 12.188 e 12.190, de 2006, as faculdades continuarão oferecendo os mesmos cursos, mas perdem a condição de autarquia e passam a ser geridas pelo SEES, com a transferência do patrimônio e dos quadros funcionais para entidade autárquica integrante do sistema. Os recursos orçamentários das entidades são remanejados para a Secretaria de Ciência, Tecnologia, Desenvolvimento Econômico e Turismo, para pagamento de despesas do pessoal dos quadros das faculdades extintas, e a diferença irá para a autarquia que as incorporar.